La manta raya vive en las aguas tropicales, tienden a estar muy cerca de los arrecifes de coral y los encontrará viviendo en todo el Océano Atlántico, incluyendo las regiones de Carolina del Sur, Brasil y Bermuda. También se sabe que viven en el Norte, incluyendo las áreas de Nueva Jersey y se extienden todo el camino hacia abajo hasta San Diego, California.
Han sido vistas a lo largo de las aguas de África, el Mar Rojo, el Mar Arábigo y la Bahía de Bengala.
Mientras el agua sea lo suficientemente caliente y tenga abundante comida, la manta raya no es muy exigente con el tipo de agua en la que vive. Se encuentran en ambos cuerpos de agua, dulce y salada, esto incluye los océanos, lagos, lagunas, pantanos y costas.
La manta raya es fácil de detectar pues por lo general se quedará muy cerca de la playa y de la superficie del agua, sin embargo, existen pruebas que sugieren que en muchas áreas les encanta vivir en el mar abierto. Esto podría ser debido a que su ambiente natural no tiene suficiente comida por lo que se aventuran más lejos. En general, son los adultos mayores los que se encuentran en mar abierto, mientras que los más jóvenes permanecen cerca de las costas.
Aproximadamente 150 mantas rayas viven a lo largo de la región costera de Hawái. En un principio se creía que simplemente migraban a través de esta zona, pero ahora se ha confirmado que son residentes a largo plazo en estas áreas. De hecho, generan millones de dólares anualmente debido a los turistas que tienen la oportunidad de bucear en estas áreas y conseguir una mirada más de cerca y personal a la manta raya.
Se sabe que migran muy lejos en busca de comida, y mientras las temperaturas del agua sean lo suficientemente calientes serán capaces de hacerlo. Gracias al calentamiento global, los lugares donde han sido encontradas continúan en expansión, además de que los suministros de alimentos en algunas áreas se reducen significativamente.
No se cree que migren para el apareamiento, como hacen muchos otros tipos de vida acuática, sin embargo, este proceso de migración por la alimentación los expone a más oportunidades de aparearse, puesto que pueden aparearse en cualquier época del año, siempre y cuando sus necesidades básicas están cubiertas, lo que les ayuda a aumentar la población.
Existen riesgos para el hábitat natural de la manta raya, a medida que avanzan a nuevas regiones en busca de alimentos pueden ser más susceptibles a ser comidos por tiburones y ballenas. También tienen más probabilidades de ser golpeadas por grandes barcos o incluso capturados en redes de pesca. Hay muchas áreas donde la pesca comercial se lleva a cabo y, dado que la manta raya, naturalmente, sigue el suministro de alimentos pueden fácilmente quedar atrapadas entre las redes.
También están sufriendo por la contaminación, los elementos que la gente deja en el agua pueden crear problemas para el sistema de filtración de estos animales, lo que puede dar lugar a que no sean capaces de digerir correctamente los alimentos.
Debido a los patrones de migración y la destrucción de su hábitat natural, cada vez es más común encontrar la manta raya en áreas donde no eran conocidos normalmente. Muchos expertos creen que el calentamiento global ha jugado un papel vital en tales movimientos, dado que estos animales aman las temperaturas tropicales y subtropicales, están disfrutando del agua más cálida en zonas donde alguna vez les fue imposible hacerlo.
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